El Departamento de Investigación, Desarrollo e Innovación (I+D+i) es el encargado de planificar la estrategia de I+D+i de acuerdo con las tendencias y demandas del sector empresarial, identificar las capacidades y potencialidades de I+D+i del CITE, además de fomentar la contratación del CITE como colaborador tecnológico por parte de las empresas de la industria marina y alimentaria.